1932 жылы КСРО су көлігі наркомының бұйрығымен Семей су hеспубликалық біртұтас кәсіпорны негізінде Жоғарғы Ертіс өзен пароходы құрылды. Бүкіл Жоғарғы Ертіс бассейнінде бір бассейн басқару-ЖБТ құрылды,оның құрылымына Семей техникалық бөліміжәне Павлодар кеме жөндеу шеберханасы кірді.
Павлодарда техникалық бөлім 1977 жылы Ертісбассейндік басқару жолының 5-ші және 6-шы шеберлердің (прораб) негізінде құрылды. Павлодар облысында ұзындығы 634 шақырым болатын су жолдарын басқарған. 2011 жылы 31 км-де қызмет көрсетілетін телімнің бөлігі Семей Су жолдары кәсіпорнына берілді.Қазіргі уақытта Майтүбек - Клин (Ресей Федерациясының Омбы облысымен шекара) телімнің ұзындығы 603 км. Майтүбек-Павлодар телімі 222 км., Павлодар-Клин алаңы - 381 км.
Заңды күші бар «Мемлекеттік кәсіпорын туралы» Қазақстан Республикасы Президентінің 1995 жылғы 19 маусымдағы № 1335 Жарғысы және Қазақстан Республикасы Үкіметінің 1996 жылғы 25 маусымдағы «Республикалық мемлекеттік кәсіпорындардың тізбесі туралы» Қаулысы негізінде Павлодар техникалық учаскесі Павлодар су жолдарының республикалық қазыналық кәсіпорны қайта құрылды. Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2008 жылғы 5 наурыздағы «Қазақстан Республикасы Көлік және коммуникация министрлігінің кейбір мәселелері туралы» № 222 Қаулысына сәйкес Павлодар су жолдарының республикалық қазыналық кәсіпорны Қазақстан Республикасы Көлік және коммуникация министрлігі Көлік және қатынас жолдары комитетінің қарауына берілді. Одан әрі Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2012 жылғы 11 наурыздағы «Қазақстан Республикасы Көлік және коммуникация министрлігінің кейбір мәселелері туралы» № 314 Қаулысына сәйкес, атауы Қазақстан Республикасы Көлік және коммуникация министрлігінің Павлодар су жолдарының республикалық мемлекеттік қазыналық кәсіпорны деп өзгертілді.
Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2015 жылғы 14 сәуірдегі «Қазақстан Республикасы Инвестициялар және даму министрлігінің кейбір республикалық мемлекеттік қазыналық су жолдары кәсіпорындарын қайта ұйымдастыру және Қазақстан Республикасы Үкіметінің кейбір шешімдеріне өзгерістер мен толықтырулар енгізу туралы» № 231 Қаулысымен «Ертіс су жолдарының кәсіпорны» республикалық мемлекеттік қазыналық кәсіпорны су жолдарының Павлодар филиалы құрылды. Филиалдың есептік тіркеуі 2015 жылғы 28 қарашада жүргізіліп, Қазақстан Республикасының заңнама шеңберінде қызметін іске асыруға құқық береді.
«Қазақстан су жолдары» республикалық мемлекеттік қазыналық кәсіпорнының Павлодар филиалы Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2016 жылғы 28 қарашадағы «Қазақстан Республикасы Инвестициялар және даму министрлігінің кейбір республикалық мемлекеттік қазыналық су жолдары кәсіпорындарын қайта ұйымдастыру және Қазақстан Республикасы Үкіметінің кейбір шешімдеріне өзгерістер мен толықтырулар енгізу туралы» № 744 Қаулысымен құрылды.
Филиалдың 2016 жылғы 22 желтоқсандағы есептік тіркеуі Қазақстан Республикасының заңнама шеңберінде қызметін іске асыруға құқық береді.
Қазақстан Республикасы Көлік министрінің міндетін атқарушының 2023 жылғы 15 қыркүйектегі «Кейбір мемлекеттік заңды тұлғаларды қайта атау туралы» № 2 бұйрығына сәйкес бастап филиал Қазақстан Республикасы Көлік министрлігі Теміржол және су көлігі комитетінің «Қазақстан су жолдары» республикалық мемлекеттік қазыналық кәсіпорны Павлодар филиалы болып қайта аталды.
Филиалды басқару органы болып Қазақстан Республикасы Көлік министрлігі Теміржол және су көлігі комитетінің «Қазақстан су жолдары» республикалық мемлекеттік қазыналық кәсіпорны болып табылады.