Іле-Балқаш филиалының тарихы 1933 жылдан басталады, Балқаш көлінің жағасында Балқаш–Іле өзен көлігі басқармасының 1933 жылғы 25 шілдедегі № 88 бұйрығымен Бертіс шығанағында учаскесі бар Бөрлітөбе айлағы құрылды.
1947 жылы Бертіс айлағы Балқаш пайдалану учаскесі болып қайта құрылып, ол дербес бөлімше болды.
1972 жылдан бастап Балқаш пайдалану учаскесі тиеу жұмыстары, ауыл шаруашылығы жүктері мен жолаушыларын тасымалдаудан басқа, Балқаш қаласының және Приозерск қала құрылыстарының қажеттіліктері үшін минералды-құрылыс жүктерін өндіруді және тасымалдауды бастады.
1995 жылдың 11 шілдесінде Балқаш пайдалану учаскесі Балқаш кемежайы болып қайта құрылды.
Қазақстан Республикасы Көлік және коммуникация министрлігінің 1996 жылғы 12 тамыздағы № 187 бұйрығы негізінде Қазақстан Республикасы Көлік және коммуникация министрлігі Балқаш су жолдары республикалық мемлекеттік қазыналық кәсіпорны Балқаш айлағы базасында құрылды.
2017 жылғы 15 желтоқсанда «Балқаш су жолдары кәсіпорны» РМҚК-ны «Қазақстан су жолдары» РМҚК-ға қосу жолымен Қазақстан Республикасы Индустрия және инфрақұрылымдық даму министрлігі Көлік комитетінің «Қазақстан су жолдары» республикалық мемлекеттік қазыналық кәсіпорнының Балқаш филиалы болып құрылды.
Үш облыстың (Қарағанды, Жамбыл және Алматы) әкімшілік аумақтары шегіндегі жалпы ұзындығы 434,4 км кеме қатынайтын су учаскелеріне қызмет көрсетіледі.
Іле өзеніндегі кеме қатынасы тарихы 1924 жылдың тамыз айында өзендегі кеме қатынасы мүмкіндіктерін зерттеу үшін шағын экспедиция жабдықталған кезде басталады. Ол қытай шекарасынан Іле өңіріне дейінгі учаскені зерттеді. Экспедиция бұл учаскеде кеме қатынасы мүмкін екенін және Іле өзені тасымалдау үшін ыңғайлы және арзан көлік артериясына айналуы мүмкін екенін көрсетті. 1926 жылдың мамыр айында Іле кеме қатынасы ұйымдастырылды. Сол жылы Іле кеме қатынасы үшін Чарджоу кеме жөндеу зауытында екі бұрандалы қайық салынды. Олардың бірі «Коммунар», екіншісі – «Казахстанец» деп аталды. 1927 жылы Іле өзенінде кеме қатынасы ашылды.
90-шы жылдардың басында Қапшағай су қоймасы мен Іле өзені (Қапшағай қаласының порты Борохудзир кемежайына дейін) бойынша көмір, құрама жем, құм, қиыршық тас, орман, мұнай өнімдері, кен контейнерлермен жүк тасымалданды. Жүк тасымалдарының көлемі навигациялық кезеңде, сәуір-қараша айлары аралығында, 800 мың тонна жүк және круиздік маршруттарда 5 мың адам жолаушыға дейін жетті.
2016 жылғы 26 желтоқсанда кәсіпорын Қазақстан Республикасы Инвестициялар және даму министрлігі Көлік комитетінің «Қазақстан су жолдары» республикалық мемлекеттік қазыналық кәсіпорнының Іле филиалы болып қайта құрылды.
Қапшағай қаласында ұзындығы 90 км кеме жүзетін су жолдарына қызмет көрсетіледі: «Қазақстан су жолдары» - «сыналау аймағы» 90 км.
2021 жылғы 1 қаңтардан бастап Балқаш және Іле филиалдарының негізінде Қазақстан Республикасы Индустрия және инфрақұрылымдық даму министрлігі Көлік комитетінің «Қазақстан су жолдары» республикалық мемлекеттік қазыналық кәсіпорнының Іле-Балқаш филиалы болып құрылды.
Қазақстан Республикасы Көлік министрінің міндетін атқарушының 2023 жылғы 15 қыркүйектегі «Кейбір мемлекеттік заңды тұлғаларды қайта атау туралы» № 2 бұйрығына сәйкес бастап филиал Қазақстан Республикасы Көлік министрлігі Теміржол және су көлігі комитетінің «Қазақстан су жолдары» республикалық мемлекеттік қазыналық кәсіпорны Іле-Балқаш филиалы болып қайта аталды.
Негізгі міндеттері:
- қызмет көрсетілетін су жолдарында кеме қатынасы жағдайының навигациялық белгілерін орнату және ұстау:
- кеме жүрістерінің габариттері туралы және жол жағдайларының өзгеруі туралы кеме иелеріне ақпараттық хабарлау;
- кеме қатынасы су жолдарын күтіп-ұстау мен дамытуды қамтамасыз етуге арналған құрал-жабдықтар мен жабдықтау мүлкін жөндеу, күтіп-ұстау және дайындау;
- кеме жүрісінің кепілді және сараланған габариттерін қамтамасыз ету.