1925 жылы сәуір айында Еділ кеме қатынасының Оралдағы өзен агенттігі құрылды. 1931 жылы Оралды игеру Орал – Елек учаскесінен, ал 1932 жылы Елек – Чкалов (Орынбор) учаскесінен басталды. Пайдаланылатын өзен жолдарының ұзындығы 833-тен 1471 км-ге дейін ұлғайды. Аудандық өзен көлігі басқармасы 1931 жылдың шілдесіне дейін жұмыс істеді. Наркомводтың №156 бұйрығымен 1931 жылдың 4 шілдесінен бастап аудандық өзен көлігі басқармасы Орал өзен көлігі басқармасы болып қайта аталды. Орал өзен көлігі басқармасының көптеген қызметкерлері кейіннен Куйбышев, Семей және Чарджоу өзен техникумдарын бітірді. ОӨКБ-да 9 жер снарядтары мен жер қазғыштар жұмыс істеді, олар шекарадан сағаға дейінгі тереңдікті қамтамасыз етті. 1981 жылы кеме шаруашылығы қайта құрылғаннан кейін жол жұмыстарының көлемі төмендей бастады. 1989-1995 жылдары қайнарларды ашу іс жүзінде тоқтап қалды. 1996 жылдың тамызында Орал кеме шаруашылығы бұрынғы жол бөлімінің базасында республикалық мемлекеттік қазыналық Орал су жолдары кәсіпорны болып құрылды.
Қазақстан Республикасы Үкіметінің 1996 жылғы 25 шілдедегі «Республикалық мемлекеттік кәсіпорындардың тізбесі туралы» № 790 қаулысына және Қазақстан Республикасы Көлік және коммуникация министрінің 1996 жылғы 7 тамыздағы № 176 бұйрығына сәйкес Атырау республикалық мемлекеттік қазыналық су жолдары кәсіпорны құрылды. Кәсіпорын Индер кентінің шекарасында Жайық өзенінде – Жайық өзенінің сағасында – Орал-Каспий каналында кемелер мен құрамдардың қауіпсіз және ыңғайлы жүзуі үшін кеме қатынасы жолдарын күтіп ұстау және қызмет көрсету жұмыстарын жүзеге асырды. Қызмет көрсетілетін учаскенің ұзындығы 333 км құрады.
Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2015 жылғы 27 ақпандағы «Қазақстан Республикасы Үкіметінің кейбір шешімдеріне өзгерістер мен толықтырулар енгізу туралы» №100 қаулысымен кәсіпорын «Атырау су жолдары кәсіпорны» РМҚК болып қайта аталды.
Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2015 жылғы 14 сәуірдегі №231 қаулысымен «Атырау су жолдары кәсіпорны» РМҚК-ға «Орал су жолдары кәсіпорны» РМҚК қосылды және кәсіпорынның Орал филиалы құрылды.
Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2016 жылғы 28 қарашадағы №744 қаулысымен «Атырау су жолдары кәсіпорны» РМҚК, «Ертіс су жолдары кәсіпорны» РМҚК және «Іле су жолдары кәсіпорны» РМҚК, оларды «Қазақстан су жолдары» РМҚК біріктіру жолымен қайта ұйымдастырылды. 2016 жылғы желтоқсанда оларды «Қазақстан су жолдары» РМҚК Каспий филиалы құрылды.
2019 жылғы 4 сәуірде филиал Қазақстан Республикасы Индустрия және инфрақұрылымдық даму министрлігі Көлік комитетінің «Қазақстан су жолдары» республикалық мемлекеттік қазыналық кәсіпорнының Каспий филиалы болып қайта аталды.
2021 жылғы 1 қаңтардан бастап Каспий және Орал филиалдары базасында Қазақстан Республикасы Индустрия және инфрақұрылымдық даму министрлігі Көлік комитетінің «Қазақстан су жолдары» республикалық мемлекеттік қазыналық кәсіпорнының Орал-Каспий филиалы құрылды.
Филиалдың негізгі міндеті Қазақстан Республикасының аумағындағы Жайық өзенінде, Орал-Каспий каналында және Қиғаш өзенінің учаскесінде (Еділ өзенінің жеңі) қызмет көрсетілетін учаске шегінде кемелер мен құрамдардың қауіпсіз жүзуін қамтамасыз ету мақсатында кеме қатынасы су жолдарын тиісінше ұстау және дамыту үшін өндірістік қызметті жүзеге асыру болып табылады.
Қазақстан Республикасы Көлік министрінің міндетін атқарушының 2023 жылғы 15 қыркүйектегі «Кейбір мемлекеттік заңды тұлғаларды қайта атау туралы» № 2 бұйрығына сәйкес бастап филиал Қазақстан Республикасы Көлік министрлігі Теміржол және су көлігі комитетінің «Қазақстан су жолдары» республикалық мемлекеттік қазыналық кәсіпорны Орал-Каспий филиалы болып қайта аталды.
Филиал қызметінің мақсаты су жолдарының қызмет көрсетілетін учаскесінде, порттарға, кемежайларға, өзен флотының затондарына, кіреберістерде кеме жүрістерінің кепілдік берілген габариттерін қамтамасыз ету болып табылады.
Қойылған міндеттерге қол жеткізу үшін филиал мыналарды жүзеге асырады:
- қызмет көрсетілетін су жолдарында кеме қатынасы жағдайының навигациялық белгілерін орнату және күтіп ұстау;
- түбін тереңдету және түбін тазарту жұмыстарын орындау;
- кеме қатынасы су жолдарын күтіп-ұстау мен дамытуды қамтамасыз етуге арналған жағдайлық құрал-жабдықтар мен мүлікті дайындау, жөндеу, жасау күтіп-ұстау;
- флот жұмыстарын, кеме жөндеу жұмыстарын жүргізу;
- кеме жүрісінің габариттері мен өзгерістері туралы кеме иелеріне ақпараттық хабарлау;
- Акватория мен жағалау белдеуі шегінде Қазақстан Республикасының Ішкі су жолдарында жүк көтергіш механизмдер мен басқа да техникалық флотты пайдалана отырып жұмыстарды орындау.