История

   Постановлением Правительства Республики Казахстан от 14 апреля 2015 года № 231 «О реорганизации некоторых республиканских государственных казенных предприятий водных путей Министерства по инвестициям и развитию Республики Казахстан и внесения изменений и дополнений в некоторые решения Правительства Республики Казахстан», путем слияния РГКП Восточно-Казахстанского предприятия, РГКП Павлодарского предприятия и РГКП Семейского предприятия водных путей создано Республиканское государственное казенное предприятие «Иртышское предприятие водных путей» Комитета транспорта Министерства по инвестициям и развитию Республики Казахстан, включающее 4 филиала: Павлодарский, Семейский, Верхне-Иртышский и Филиал судоходных шлюзов.

   15 декабря 2016 года РГКП «Иртышское предприятие водных путей» Комитета транспорта Министерства по инвестициям и развитию Республики Казахстан на основании Постановления Правительства Республики Казахстан от 28 ноября 2016 года №744 «О реорганизации некоторых республиканских государственных казенных предприятий водных путей Министерства по инвестициям и развитию Республики Казахстан и внесений изменений и дополнений в некоторые решения Правительства Республики Казахстан», путем слияния РГКП «Иртышское предприятие водных путей», РГКП «Атырауское предприятие водных путей» и РГКП «Илийское предприятие водных путей» реорганизовано в РГКП «Қазақстан су жолдары» Комитета транспорта Министерства по инвестициям и развитию Республики Казахстан и расширено 3 филиалами: Каспийским, Уральским и Илийским.

     В следствии реорганизации в 2017 году осуществлено расширение предприятия до 9 филиалов: 
30 октября 2017 года на основании статьи 8-1 Закона «О торговом мореплавании», приказом директора РГКП «Қазақстан су жолдары» №1-05-145 от 27 октября 2017 года создан Морской навигационный центр РГКП «Қазақстан су жолдары»; в соответствии с постановлением Правительства Республики Казахстан от 6 ноября 2017 года №712 «О реорганизации некоторых республиканских государственных казенных предприятий Комитета транспорта Министерства по инвестициям и развитию Республики Казахстан» осуществлено присоединение РГКП «Балхашское предприятие водных путей».

   18 февраля 2019 года республиканское государственное казенное предприятие «Қазақстан су жолдары» Комитета транспорта Министерства по инвестициям и развитию Республики Казахстан на основании Постановления Правительства Республики Казахстан от 29 декабря 2018 года №936 «О некоторых вопросах Министерства индустрии и инфраструктурного развития Республики Казахстан и внесении изменений и дополнений в некоторые решения Правительства Республики Казахстан» переименовано в Республиканское государственное казенное предприятие «Қазақстан су жолдары» Комитета транспорта Министерства индустрии и инфраструктурного развития Республики Казахстан. 
            

   В соответствии с постановлением Правительства Республики Казахстан от 19 марта 2019 года № 131 «О реорганизации некоторых республиканских государственных учреждений, республиканских государственных казенных предприятий и внесении изменений и дополнений в некоторые решения Правительства Республики Казахстан» Предприятие реорганизовано путем присоединения к нему республиканского государственного казенного предприятия «Регистр судоходства Казахстана» Комитета транспорта Министерства индустрии и инфраструктурного развития Республики Казахстан.

   На основании приказа РГКП «Қазақстан су жолдары» от 17 июня 2019 года №1-03-62 «О создании филиала» создан филиал «Регистр судоходства Казахстана», 06 сентября 2019 года переименован в филиал «Регистр судоходства» согласно приказа РГКП «Қазақстан су жолдары» от 19 августа 2019 года №1-03-93 «О переименовании».

   В соответствии с приказом РГКП «Қазақстан су жолдары» от 10 июня 2019 года №1-03-54 «О создании представительства» образовано Представительство Республиканского государственного казенного предприятия «Қазақстан су жолдары» Комитета транспорта Министерства индустрии и инфраструктурного развития Республики Казахстан в городе Нур-Султан.

   В соответствии с приказом и.о. Министра транспорта Республики Казахстан № 2 от 15 сентября 2023 года «О переименовании некоторых государственных юридических лиц» Республиканское государственное  казенное предприятие «Қазақстан су жолдары» Комитета транспорта Министерства индустрии и инфраструктурного развития Республики Казахстан переименовано в Республиканское государственное  казенное предприятие «Қазақстан су жолдары» Комитета железнодорожного и водного транспорта Министерства транспорта Республики Казахстан

       В настоящее время в РГКП «Қазақстан су жолдары» функционирует  8 филиалов: Павлодарский, Семейский, Верхне-Иртышский, Урало-Каспийский, Или-Балхашский, Филиал «Гидротехнические сооружения», Филиал «Морской навигационный центр», Филиал «Регистр судоходства».