История Семейского филиала Республиканского государственного казенного предприятия «Қазақстан су жолдары» Комитета транспорта Министерства индустрии и инфраструктурного развития Республики Казахстан начинается с 1938 года, когда приказом Совнаркома СССР в городе Семипалатинске был создан технический участок пути, который подчинялся Обь-Иртышскому бассейновому управлению пути.
В 1962 году приказом Главречфлота № 82 от 14 августа 1962 года на базе Семипалатинского технического участка создано самостоятельное предприятие - Верхне-Иртышское бассейновое управление пути (ВИБУП). Предприятию были переданы следующие водные пути общей протяженностью 1964 км:
Для обслуживания шлюзов был создан Усть-Каменогорский район гидросооружений. Для обслуживания водных путей на балансе предприятия имелись три парохода, 20 теплоходов, три крана и 9 земснарядов, из которых 7 были паровые и 2 дизель-электрические. Кроме этого, имелись 6 барж углярок, 8 нефтеналивных барж, 11 брандвахт. На 4-ех брандвахтах располагались русловые партии, на остальных проживали команды земснарядов. Водные пути обслуживались постовым методом. Действовало 212 обстановочных постов, которые обслуживали 1593 береговых и 2367 плавучих знаков. 1752 км судоходных путей были освещаемые. Освещались обстановочные знаки керосиновыми лампами.
Гарантированные глубины были заданы на участке от Усть-Каменогорска до Клина и составляли:
- Усть-Каменогорск – Семипалатинск – 105 см;
- Семипалатинск – Семиярка – 110 см;
- Семиярка – Павлодар – 130 см;
- Павлодар – Клин – 170 см.
Особенностями судового хода на участке Шульбинский шлюз – Майтубек являлось наличие порогов.
Всего на этом участке 35 перекатов со скальным основанием. Наиболее опасными являются перекаты Бабьи, Первомайский, Зерновой, Жана-Семейские, Белокаменские, Известковские, Семибратские и Грачевские.
С ростом экономики в стране постепенно развивалось предприятие. К 1975 году путем взрывных и скалоуборочных работ на участке Семипалатинск – Семиярка достигнуты гарантированные глубины в 130 см, что позволило увеличить загрузку барж, работающих на участке Семипалатинск – Павлодар. А на участке Усть-Каменогорский шлюз – Усть-Каменогорский порт глубины увеличены до 210 см, что позволило судам, работающим на Усть-Каменогорском и Бухтарминском водохранилищах, загружаться в Усть-Каменогорском порту на полную осадку.
К 1985 году гарантированные габариты составляли:
К этому времени вся судоходная обстановка была электрифицирована, и большая часть ее обслуживалась бригадным методом. Бригадный метод вводился по мере поступления путейских теплоходов. По мере поступления нового флота списывались старые суда. Последний пароход «Челюскин» списан в 1974 году, а последний паровой земснаряд – в 1981 году. В 90-х годах технический флот предприятия состоял из 11 землечерпательных единиц с общей технической производительностью 3300 м3/ч и двух карчекранов. Ежегодно в навигации работало 55 единиц самоходного флота (буксировщики, шаландировщики, мотозавозни и путейские теплоходы). Для изучения русловых переформирований и планирования землечерпательных и выправительных работ было задействовано 7 русловых партий
В 1996 году вместо Верхне-Иртышского бассейнового управления пути в соответствии с Указом Президента Республики Казахстан, имеющего силу Закона, от 19 июня 1995 года № 2335 «О государственном предприятии» и Постановлением Правительства Республики Казахстан от 25 июня 1996 года № 790 «О перечнях республиканских государственных предприятий», созданы 3 самостоятельных предприятия в городах Усть-Каменогорск, Семипалатинск (ныне Семей), Павлодар. Правопреемником ВИБУП в Семипалатинске стало Республиканское Государственное казенное Семейское предприятие водных путей.
В 2015 году в результате реорганизации предприятие влилось в Республиканское Государственное казенное предприятие «Иртышское предприятие водных путей» Комитета транспорта Министерства по инвестициям и развитию Республики Казахстан как Семейский филиал водных путей.
В 2016 году образован Семейский филиал Республиканского государственного казенного предприятия «Қазақстан су жолдары» Комитета транспорта Министерства по инвестициям и развитию Республики Казахстан.
В 2019 году в связи с переименованием Министерства, филиал переименован в Семейский филиал Республиканского государственного казенного предприятия «Қазақстан су жолдары» Комитета транспорта Министерства индустрии и инфраструктурного развития Республики Казахстан.
В соответствии с приказом и.о. Министра транспорта Республики Казахстан № 2 от 15 сентября 2023 года «О переименовании некоторых государственных юридических лиц» филиал переименован в Семейский филиал Республиканского государственного казенного предприятия «Қазақстан су жолдары» Комитета железнодорожного и водного транспорта Министерства транспорта Республики Казахстан