Указом Президента Республики Казахстан имеющего силу Закона, от 19 июня 1995 года № 2335 «О государственном предприятии» и Постановлением Правительства Республики Казахстан от 25 июня 1996 года № 790 «О перечнях республиканских государственных предприятий» Павлодарский технический участок пути был реорганизован в Республиканское казенное Павлодарское предприятие водных путей. В соответствии с постановлением Правительства Республики Казахстан от 5 марта 2008 года № 222 «О некоторых вопросах Министерства транспорта и коммуникаций Республики Казахстан» Республиканское казенное Павлодарское предприятие водных путей передано в ведение Комитета транспорта и путей сообщения Министерства транспорта и коммуникаций Республики Казахстан. Далее в соответствии с постановлением Правительства Республики Казахстан 11 марта 2012 года № 314 «О некоторых вопросах Министерства транспорта и коммуникаций Республики Казахстан» переименовано в Республиканское государственное казенное Павлодарское предприятие водных путей Министерства транспорта и коммуникаций Республики Казахстан.
Павлодарский филиал водных путей Республиканского государственного казенного предприятия «Иртышское предприятие водных путей» создан Постановлением Правительства Республики Казахстан от 14 апреля 2015 года №231 «О реорганизации некоторых республиканских государственных казенных предприятий водных путей Министерства по инвестициям и развитию Республики Казахстан и внесений изменений и дополнений в некоторые решения Правительства Республики Казахстан». Учетная регистрация филиала, которая была произведена 28 ноября 2015 года, дает право на осуществление деятельности в рамках законодательства Республики Казахстан.
Павлодарский филиал Республиканского государственного казенного предприятия «Қазақстан су жолдары» создан Постановлением Правительства Республики Казахстан от 28 ноября 2016 года № 744 «О реорганизации некоторых республиканских государственных казенных предприятий водных путей Министерства по инвестициям и развитию Республики Казахстан и внесение изменений и дополнений в некоторые решения Правительства Республики Казахстан». Учетная регистрация филиала, которая была произведена 22 декабря 2016 года, дает право на осуществление деятельности в рамках законодательства Республики Казахстан.
В соответствии с приказом и.о. Министра транспорта Республики Казахстан № 2 от 15 сентября 2023 года «О переименовании некоторых государственных юридических лиц» филиал переименован в Павлодарский филиал Республиканского государственного казенного предприятия «Қазақстан су жолдары» Комитета железнодорожного и водного транспорта Министерства транспорта Республики Казахстан.